El pasado 14 de marzo se decretó el Estado de Alarma en todo el territorio español. Como consecuencia, se están llevando a cabo una serie de medidas excepcionales con el fin de gestionar la pandemia de COVID-19.

El Ministerio de Defensa, como parte del Comité de Gestión Técnica del Coronavirus, está ejecutando un conjunto de medidas para gestionar la crisis sanitaria de COVID-19. Por orden de implantación son:

• Activación de un mando único: El encargado de integrar las capacidades operativas, logísticas y sanitarias de la UME, la Inspección General de Sanidad y la estructura operativa de los diferentes Ejércitos para ponerlas a disposición de las autoridades competentes durante la duración del Estado de Alarma, es el general Miguel Ángel Villaroya, jefe de Estado Mayor de la Defensa.
• Tareas de reconocimiento: Los primeros efectivos desplegados fueron los miembros de la Unidad Militar de Emergencias, que realizaron tareas de reconocimiento en lugares que ya contaban con contingentes desplegados, entre ellos, Madrid, Zaragoza, Sevilla, Las Palmas, Santa Cruz de Tenerife y Valencia, así como en espacios cercanos a estas poblaciones en los que pudiera existir un mayor riesgo de propagación del coronavirus. A día de hoy, la UME junto al Ejército de Tierra en mayor medida, se encuentra realizando tareas de reconocimiento en infraestructuras de carácter crítico, desinfección de zonas infectadas o con alta probabilidad de infección así como ofreciendo apoyo logístico a hospitales, albergues o campamentos entre otros.
• Activación de médicos militares en la reserva: A la activación de médicos militares en la reserva para unirse a la lucha contra el COVID-19, se unen las instrucciones dadas a la farmacia militar para aumentar la fabricación de solución desinfectante y medicamentos genéricos que pudieran ser de utilidad.
• Refuerzo de choque de los Servicios Sociales: Ante el colapso sufrido como consecuencia del gran número de afectados por coronavirus, las Fuerzas Armadas están colaborando en solventar este problema. En concreto, están prestando apoyo a los bancos de alimentos realizando labores de transporte y distribución de alimentos a lo largo de todo el territorio. Además, entre los numerosos lugares en los que el Ejército está realizando tareas de desinfección se encuentran residencias de tercera edad, centros de salud y centros sociales.
• Hospitales de campaña: La UME y el Ejército de Tierra han trabajado conjuntamente instalando un hospital provisional en IFEMA, que cuenta, actualmente con 5.500 camas de hospitalización y UCI. Además, las Fuerzas Armadas se han coordinado en materia de asesoramiento en su adecuación como centro hospitalario, apoyo técnico sanitario, atención médica y apoyo en el transporte tanto de enfermos como de materiales necesarios. A día de hoy, ya son más de 16 los hospitales de campaña instalados por el Ejército a lo largo de todo el territorio español. De igual modo, la Armada adaptó el buque «Galicia» como barco hospital para ampliar la asistencia sanitaria. En un primer momento, el buque tuvo como destino Melilla, sin embargo, y debido al aumento de casos en la ciudad autónoma vecina, a día de hoy se encuentra prestando servicio en Ceuta. Asimismo, y a lo largo de estas últimas semanas el apoyo de las Fuerzas Armadas ha sido constante en el traslado entre hospitales de pacientes leves a otros centros u hoteles habilitados para este fin, así como el traslado de fallecidos a instalaciones como el Palacio de Hielo, la Ciudad de la Justicia y Majadahonda, que actúan como morgues improvisadas.
• Incremento del número de efectivos: Hasta la fecha, un total de 89.780 militares han participado en la lucha contra el coronavirus. Desde el pasado 15 de marzo, día en el que comenzó el despliegue con 350 efectivos, los militares han intervenido en más de 10.960 operaciones en todas las comunidades autónomas. Las labores que están realizando las Fuerzas Armadas incluyen desde tareas de reconocimiento, presencia y desinfección en infraestructuras críticas como estaciones de ferrocarril y autobuses, hospitales y centros sanitarios o edificios institucionales, hasta labores informativas y de concienciación entre la población para evitar aglomeraciones, como ya ha ocurrido en algunas estaciones de la Comunidad de Madrid. Además, en este incremento del número de efectivos que tuvo su auge el pasado 4 de abril superando los 7.700 desplegados, ha sido necesario contar con la colaboración de miembros de la Guardia Real para facilitar el apoyo en todo el territorio.
• Participación en consultas internacionales: El Ministerio de Defensa también participa en consultas internacionales, a través de videoconferencia, con otros países europeos afectados por el COVID-19. En estas conferencias, se pone en común la experiencia de las Fuerzas Armadas de cada país frente al coronavirus y se debaten las medidas adoptadas desde ellos distintos Departamos de Defensa.
• Regreso a territorio español de la mitad de los efectivos desplegados en Irak como medida  temporal por la crisis del coronavirus y siguiendo los pasos del resto de países de la coalición.
• OTAN:  Tras la petición de apoyo internacional a la organización atlántica para recibir ayuda en la lucha contra el COVID-19, los aliados han respondido realizando un primer envío de 10.000 equipos de protección individual (EPI) y 90 ventiladores procedentes de la República Checa. Del mismo modo, Turquía y Luxemburgo han respondido realizando un envío de material sanitario y la Agencia de Apoyo y Adquisiciones de la OTAN ha entregado un primer lote de equipos de protección personal. Alemania y Lituania también han participado en el envío de material. No obstante, el pasado 27 de marzo, el Ministerio de Defensa retiró su petición argumentado la mejoría de la situación. 
• Patrullas mixtas: Las Fuerzas Armadas y las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado, en concreto el Ejército de Tierra y la Guardia Civil, patrullaron conjuntamente en 87 localidades. Además, el Ejército está presente en lugares como fronteras, áreas turísticas o espacios con un posible elevado tránsito de personas. Asimismo, la Policía Nacional ya ha comenzado a escoltar a médicos de la UME en la realización de los test rápidos a las personas aisladas en sus domicilios por posible contagio del virus COVID-19. No obstante, con motivo de la disminución de casos, el Ministerio del Interior ha solicitado la retirada de las tropas de los puestos fronterizos de Portugal y Francia. A pesar de ello, las Fuerzas Armadas continuarán vigilando las fronteras de Ceuta y Melilla así como infraestructuras críticas y centrares nucleares.
• Proyecto Atila (Antivirus por iluminación de luz ultravioleta autónomo): El Ejército de Tierra inicia las pruebas para implementar la emisión de luz ultravioleta en un robot de desactivación de artefactos explosivos con capacidad germicida para luchar contra el coronavirus. El objetivo de este proyecto es demostrar la eficacia de la luz ultravioleta en la eliminación del virus y dotar de estas capacidades al robot ‘Avenger’ para que, en caso de rebrote, el sistema pueda ser utilizado .

Estas medidas realizadas en el marco de la Operación Balmis, ya cuentan con 499 efectivos desplegados en 5 localidades.